蜂王漿屬於「活性型」物質，其中包含豐富的營養素，因此很容易受環境及溫度影響而變質， 特別在含「酸」的環境中，例如空氣中的氧、或加入果汁中飲用， 會使得蜂王漿變質 。也不可曝曬在強光下，或久置金屬物於蜂王乳中。

蜂王漿需處於相當低的溫度下保存。根據實驗報告：如果將蜂王漿保存在攝氏 -18℃中，可保存二年； 根據日本安大略大學史密斯博士的實驗報告：如果將 蜂王漿保存在攝氏-5℃~ 2 ℃中，則可保存一年。因此最好的保存方式建議以冷凍方式較佳。一 般冰箱冷藏保存則約三個月。

蜂王乳的新鮮度會隨著時間慢慢遞減，如果須要置於冷藏庫中食用，建議可以先取大約1~2星期的食用量置於冷藏庫中，分次食用。